Выявление ДНК Diaporthe caulivora с помощью набора реагентов «Diaporthe caulivora-РВ»

Diaporthe caulivora – грибковый патоген, вызывающий рак стеблей сои (Athow et Caldwell 1954) J.M. Santos et al. 2011.

Распространен в регионах с умеренным климатом таких как: Север США, Канада, Аргентина, Австрия, Болгария, Франция, Италия и Россия. Основным растением-хозяином является соя (Glycine max). Распространение болезни происходит, главным образом, через зараженные семена, дальнейшее – через инфицированные растительные остатки с пикнидами и перитециями, содержащими сумкоспоры.

Пораженные Diaporthe caulivora растения получают наибольший ущерб в фазе плодообразования, особенно при частой смене погодных условий от засухи до дождливых периодов со средней температурой около 25 градусов. Сильное заражение приводит к потерям урожая до 50%, снижению числа семян с одного растения и содержания в них масла. Проявление болезни характеризуется такими симптомами как: появление бурых или красно-коричневых пятен на листьях, потемнение сердцевины стебля, увядание и хлороз вегетативных органов, преждевременной гибели по типу «зеленая смерть» (растение засыхает, оставаясь зеленым), формирование мелких недоразвитых бобов, а также появление пикнид в виде черных точек на пораженных тканях. Сильно инфицированные семена морщинистые, покрытые белым налетом с буро-фиолетовыми пятнами.

Наиболее эффективные методы борьбы с Diaporthe caulivora заключаются в выведении устойчивых сортов, в сочетании с агротехническими приемами, направленными на сокращение присутствия патогена в почве, и своевременная диагностика посадочного материала.

Набор реагентов для выявления ДНК Diaporthe caulivora методом полимеразной цепной реакции в реальном времени

Набор может быть использован в лабораторных центрах и институтах, проводящих контроль фитосанитарного состояния растений, в том числе посадочного материала в целях обнаружения Diaporthe caulivora. Набор позволяет качественно определить, наличие в образце ДНК Diaporthe caulivora.

Набор реагентов «Diaporthe caulivora – РВ» позволяет одновременно выявлять в одной реакционной смеси специфичный фрагмент ДНК Diaporthe caulivora – по каналу флуоресценции FAM/Green, а также внутренний положительный контроль (ВПК) – по каналу флуоресценции R6G/HEX/Yellow/VIC. Реакция ВПК необходима для исключения ложноотрицательных результатов.

• Чувствительность
  Чувствительность ПЦР при использовании набора реагентов «Diaporthe caulivora - РВ» — 8,0*10³ копий ДНК в миллилитре пробы.
• Специфичность
  Специфичность – ложноотрицательные результаты при анализе образцов, содержащих ДНК целевого объекта, отсутствовали, ложноположительные результаты при анализе образцов ДНК, не содержащих вышеперечисленные специфические фрагменты, отсутствовали.

Набор реагентов апробирован на следующих приборах: Gentier 96Е (Tianlong, Китай), QuantStudio 5 (Thermo Fisher Scientific, США), «CFX96» («BioRad», США), «DT» («ДНК-технология», Россия), «Rotor Gene» (Qiagen), «АНК-32 (32М, 48)» (ИАП РАН, г. Санкт-Петербург, Россия)