Флуоресцентная детекция

Подберите конструкцию зонда и спектральную пару

Подбор начинается с типа конструкции и канала детекции. Рекомендации флуорофор–гаситель учитывают спектральные параметры доступных модификаций.

Рассчитать заказ О синтезе

Изучить параметр Выбрать в конструкторе Отправить запрос

Определите конструкцию

Тип зонда задаёт требования к расположению меток и гасителей.

Сопоставьте спектры

Излучение флуорофора должно попадать в рабочий диапазон гасителя.

Проверьте ограничения

Учитывайте доступные позиции, обозначения и требования экспериментального дизайна.

ПЦР в реальном времени

Зонд объединяет специфичную последовательность, флуорофор и гаситель

Для корректной детекции недостаточно выбрать яркий краситель. Нужно согласовать последовательность, канал прибора, спектр эмиссии, диапазон гашения, взаимное расположение меток и метод очистки.

2 метки линейный гидролизный зонд

Флуорофор формирует сигнал, а гаситель подавляет его до разделения пары.

>95% чистота очищенного зонда

Высокая чистота критична для уменьшения фонового сигнала от неполных конструкций.

0,5 ОЕ минимальный ориентир

Для 20-звенника приводится ориентир не менее 0,5 ОЕ или 250 пмоль для небольшого числа реакций.

1–100 ОЕ охарактеризованный зонд

Для отработанной конструкции возможен широкий диапазон количества.

Принцип работы

Гаситель подавляет сигнал, пока конструкция остаётся целой

В гидролизном зонде флуорофор и гаситель находятся на одной цепи. Во время амплификации разделение меток приводит к росту флуоресценции.

Последовательность

Зонд подбирают к участку мишени между прямым и обратным праймерами.

Флуорофор

Канал детекции прибора должен соответствовать спектру возбуждения и эмиссии красителя.

Гаситель

Его диапазон поглощения должен перекрывать эмиссию выбранного флуорофора.

Фон

Неполные молекулы с флуорофором без гасителя повышают исходный сигнал и ухудшают чувствительность.

Мультиплекс

Несколько мишеней требуют спектрально разделимых каналов

Для одновременных реакций выбирают разные флуорофоры и эффективные для них гасители, учитывая фильтры конкретного прибора.

Разделение каналов

Максимумы эмиссии флуорофоров должны быть достаточно удалены для корректной компенсации сигналов.

Перекрытие с гасителем

Эмиссия каждого красителя должна попадать в рабочий диапазон соответствующего гасителя.

Спектральный bleed-through

Сильное перекрытие флуорофоров может усложнить анализ и потребовать настройки матрицы компенсации.

Прибор

Набор доступных каналов и фильтров является обязательным ограничением выбора.

Конструкции

Тип зонда определяет расположение меток и требования к дизайну

СИНТОЛ указывает возможность изготовления конструкций для разных молекулярных схем ПЦР-РВ.

TaqMan / линейные гидролизные зонды

Классическая пара флуорофор–гаситель на одной последовательности.

Molecular Beacons

Шпилечная структура сближает метки в свободном состоянии и разделяет их при гибридизации.

Hybridization Probes

Сигнал формируется при совместной гибридизации двух зондов на мишени.

Scorpions

Праймер и зонд объединены в одной конструкции и требуют специального проектирования.

Очистка и контроль

Для зонда критична доля полностью собранных молекул

Флуорофор без гасителя или укороченный продукт создают фон, поэтому для зондов используется интенсивная очистка и постсинтетический контроль.

Двухэтапная очистка

Для флуоресцентных конструкций применяются ПААГ и обращённо-фазовая ВЭЖХ.

Спектрофотометрия

Оценивает количество и спектральный вклад компонентов.

Капиллярный электрофорез

Может использоваться для оценки флуоресцеин-меченых продуктов.

Рабочая проверка

Финальная пригодность конкретной последовательности определяется экспериментальным дизайном и условиями ПЦР.

Практические вопросы

Перед выбором параметров

Как выбрать гаситель?

Сначала проверьте, что эмиссия флуорофора находится внутри диапазона гашения, затем учитывайте позиции, прибор и фон конструкции.

Почему одинаковый natural symbol даёт несколько строк?

Один химический тип может иметь разные технические символы, позиции или спектральные параметры; таблица группирует только действительно эквивалентные варианты.

Можно ли использовать любую рекомендуемую пару?

Рекомендация оценивает спектральную совместимость, но не заменяет проверку каналов прибора и проектирование последовательности.

qPCR-зонды

Соберите запись зонда перед заказом

Страница помогает перейти от выбора флуорофора и гасителя к строке sequence, которую можно вставить в ручной ввод или Excel-импорт.

Открыть заказ Каталог меток

Позиционно корректные примеры из справочника используются только варианты, допустимые на 5′ и 3′

FAM + RTQ1 FAM/ACATAGA/RTQ1 спектральное перекрытие 100% TET + BHQ1 TET/ACATAGA/BHQ1 спектральное перекрытие 91% JOE + BHQ1 JOE/ACATAGA/BHQ1 спектральное перекрытие 77% R6G + BHQ1 R6G/ACATAGA/BHQ1 спектральное перекрытие 70% FAM + RTQ1 + MGB FAM/ACATAGA/RTQ1/MGB MGB-вариант: гаситель должен стоять перед MGB

Типы зондов

Выберите архитектуру под задачу. Для стандартной qPCR чаще всего достаточно TaqMan-зонда с флуорофором на 5′ и гасителем на 3′.

TaqMan Probes

Классические зонды для real-time PCR

Что это

TaqMan-зонды — линейные ДНК-зонды с флуорофором и гасителем на концах. Во время ПЦР зонд разрушается полимеразой, и появляется флуоресцентный сигнал.

Когда выбирать

Количественная qPCR
Диагностические тесты
Мультиплекс-анализ
Рутинные и клинические задачи

Почему удобно

Высокая чувствительность
Надёжный и воспроизводимый сигнал
Хорошо работают в стандартных протоколах

Нюансы

Требуется полимераза с 5′→3′ экзонуклеазной активностью
Зонд разрушается в процессе реакции
Важно корректно подобрать дизайн и модификации

Molecular Beacons

Шпилькообразные зонды с максимальной специфичностью

Что это

Molecular Beacon — зонд в форме шпильки. Он светится только тогда, когда связывается строго с нужной последовательностью.

Когда выбирать

Детекция SNP и точечных мутаций
Аллель-специфические анализы
Различие близких последовательностей

Почему удобно

Очень высокая специфичность
Отлично различают даже одну замену нуклеотида
Зонд не разрушается и работает многократно

Нюансы

Более сложный дизайн
Требуют оптимизации условий реакции
Обычно менее чувствительны, чем TaqMan

Hybridization (FRET) Probes

Парные зонды для FRET-детекции

Что это

Hybridization-зонды работают в паре: один зонд с флуорофором-донором, второй — с акцептором. Сигнал возникает, когда оба зонда связываются рядом на матрице.

Когда выбирать

Анализы на платформах LightCycler
Высокоспецифичная детекция
Анализ мутаций и плавления

Почему удобно

Не требуется гидролиз зонда
Высокая точность
Хороший контроль специфичности

Нюансы

Используются два олигонуклеотида
Нет классического гасителя
Более сложная настройка реакции

Scorpion Probes

Зонд и праймер в одной молекуле

Что это

Scorpion-зонды совмещают праймер и флуоресцентный зонд в одной молекуле. Сигнал возникает за счёт внутримолекулярного связывания.

Когда выбирать

Быстрая детекция
Специальные или исследовательские задачи
Когда важна скорость реакции

Почему удобно

Очень быстрый отклик
Высокая чувствительность
Компактная молекулярная архитектура

Нюансы

Сложный синтез
Ограничения по дизайну
Используются реже, чем TaqMan или Beacons

Не уверены, какой тип зонда выбрать?

В большинстве qPCR-задач оптимальным выбором являются TaqMan-зонды. Для мутаций и SNP чаще используют Molecular Beacons.

Перейти к заказу Флуорофоры и гасители

Практический чек-лист для зонда

Перед добавлением в запрос проверьте не только пару краситель–гаситель, но и архитектуру зонда. Это помогает заранее устранить замечания к последовательности и параметрам.

1Выберите тип зонда

TaqMan для большинства qPCR, Molecular Beacon для SNP/мутаций, FRET для парных hybridization-протоколов.

2Поставьте метки в допустимые позиции

Классический TaqMan: флуорофор на 5′-конце, гаситель на 3′-конце. Для внутренних меток используйте только внутренне допустимые модификации.

3Проверьте спектральное перекрытие

λem флуорофора должна попадать в рабочий диапазон гасителя. Ниже таблица показывает лучшие пары из текущего справочника.

4Выберите строгую очистку

Для зондов обычно нужна ВЭЖХ или ПААГ + ВЭЖХ, особенно при двух модификациях и диагностических задачах.

Примеры записи sequence

Такой формат можно вставить в ручной ввод, импорт из текста или строку Excel.

TaqManFAM/ACATAGA/BHQ1 MGB-зондFAM/ACATAGA/BHQ1/MGB Внутренняя меткаAC(T-FAM)ATAGA/BHQ1

Открыть заказ

Рекомендуемые пары флуорофор–гаситель

Предварительная оценка спектрального перекрытия показывает, насколько эмиссия флуорофора попадает в рабочий диапазон гасителя. Она не заменяет проверку экспериментального дизайна.

№	Симв. код	Ex / Em	Рекомендуемые гасители
1	`dT-6FAM-C8N3` FAM	495/520	`RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 100% `RTQ1`RTQ1 λem 520 нм в 470–570 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 100%; позиции: 5′/3′. `5'-RTQ1`RTQ1 470–570 нм, abs 520 нм 100% `5'-RTQ1`RTQ1 λem 520 нм в 470–570 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 100%; позиции: 5′. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 84% `BHQ1`BHQ1 λem 520 нм в 480–580 нм, Δabs 15 нм. Спектральное перекрытие 84%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 84% `T-BHQ1`BHQ1 λem 520 нм в 480–580 нм, Δabs 15 нм. Спектральное перекрытие 84%; позиции: X.
2	`FAM`	490/520	`RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 100% `RTQ1`RTQ1 λem 520 нм в 470–570 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 100%; позиции: 5′/3′. `5'-RTQ1`RTQ1 470–570 нм, abs 520 нм 100% `5'-RTQ1`RTQ1 λem 520 нм в 470–570 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 100%; позиции: 5′. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 84% `BHQ1`BHQ1 λem 520 нм в 480–580 нм, Δabs 15 нм. Спектральное перекрытие 84%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 84% `T-BHQ1`BHQ1 λem 520 нм в 480–580 нм, Δabs 15 нм. Спектральное перекрытие 84%; позиции: X.
3	`T-FAM` FAM	495/520	`RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 100% `RTQ1`RTQ1 λem 520 нм в 470–570 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 100%; позиции: 5′/3′. `5'-RTQ1`RTQ1 470–570 нм, abs 520 нм 100% `5'-RTQ1`RTQ1 λem 520 нм в 470–570 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 100%; позиции: 5′. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 84% `BHQ1`BHQ1 λem 520 нм в 480–580 нм, Δabs 15 нм. Спектральное перекрытие 84%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 84% `T-BHQ1`BHQ1 λem 520 нм в 480–580 нм, Δabs 15 нм. Спектральное перекрытие 84%; позиции: X.
4	`TET`	521/536	`BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 91% `BHQ1`BHQ1 λem 536 нм в 480–580 нм, Δabs 1 нм. Спектральное перекрытие 91%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 91% `T-BHQ1`BHQ1 λem 536 нм в 480–580 нм, Δabs 1 нм. Спектральное перекрытие 91%; позиции: X. `RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 75% `RTQ1`RTQ1 λem 536 нм в 470–570 нм, Δabs 16 нм. Спектральное перекрытие 75%; позиции: 5′/3′. `5'-RTQ1`RTQ1 470–570 нм, abs 520 нм 75% `5'-RTQ1`RTQ1 λem 536 нм в 470–570 нм, Δabs 16 нм. Спектральное перекрытие 75%; позиции: 5′.
5	`JOE`	520/545	`BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 77% `BHQ1`BHQ1 λem 545 нм в 480–580 нм, Δabs 10 нм. Спектральное перекрытие 77%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 77% `T-BHQ1`BHQ1 λem 545 нм в 480–580 нм, Δabs 10 нм. Спектральное перекрытие 77%; позиции: X. `RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 61% `RTQ1`RTQ1 λem 545 нм в 470–570 нм, Δabs 25 нм. Спектральное перекрытие 61%; позиции: 5′/3′. `5'-RTQ1`RTQ1 470–570 нм, abs 520 нм 61% `5'-RTQ1`RTQ1 λem 545 нм в 470–570 нм, Δabs 25 нм. Спектральное перекрытие 61%; позиции: 5′.
6	`T-R6G` R6G	525/548	`BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 73% `BHQ1`BHQ1 λem 548 нм в 480–580 нм, Δabs 13 нм. Спектральное перекрытие 73%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 73% `T-BHQ1`BHQ1 λem 548 нм в 480–580 нм, Δabs 13 нм. Спектральное перекрытие 73%; позиции: X. `RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 57% `RTQ1`RTQ1 λem 548 нм в 470–570 нм, Δabs 28 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: 5′/3′. `5'-RTQ1`RTQ1 470–570 нм, abs 520 нм 57% `5'-RTQ1`RTQ1 λem 548 нм в 470–570 нм, Δabs 28 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: 5′.
7	`R6G`	520/550	`BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 70% `BHQ1`BHQ1 λem 550 нм в 480–580 нм, Δabs 15 нм. Спектральное перекрытие 70%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 70% `T-BHQ1`BHQ1 λem 550 нм в 480–580 нм, Δabs 15 нм. Спектральное перекрытие 70%; позиции: X. `RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 53% `RTQ1`RTQ1 λem 550 нм в 470–570 нм, Δabs 30 нм. Спектральное перекрытие 53%; позиции: 5′/3′. `5'-RTQ1`RTQ1 470–570 нм, abs 520 нм 53% `5'-RTQ1`RTQ1 λem 550 нм в 470–570 нм, Δabs 30 нм. Спектральное перекрытие 53%; позиции: 5′. `BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 26% `BHQ2`BHQ2 λem 550 нм в 550–650 нм, Δabs 25 нм. Спектральное перекрытие 26%; позиции: 5′/3′.
8	`HEX`	535/556	`BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 60% `BHQ1`BHQ1 λem 556 нм в 480–580 нм, Δabs 21 нм. Спектральное перекрытие 60%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 60% `T-BHQ1`BHQ1 λem 556 нм в 480–580 нм, Δabs 21 нм. Спектральное перекрытие 60%; позиции: X. `RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 44% `RTQ1`RTQ1 λem 556 нм в 470–570 нм, Δabs 36 нм. Спектральное перекрытие 44%; позиции: 5′/3′. `5'-RTQ1`RTQ1 470–570 нм, abs 520 нм 44% `5'-RTQ1`RTQ1 λem 556 нм в 470–570 нм, Δabs 36 нм. Спектральное перекрытие 44%; позиции: 5′. `BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 36% `BHQ2`BHQ2 λem 556 нм в 550–650 нм, Δabs 19 нм. Спектральное перекрытие 36%; позиции: 5′/3′.
9	`Cy3`	550/570	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 57% `BHQ2`BHQ2 λem 570 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 57% `T-BHQ2`BHQ2 λem 570 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: X. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 39% `BHQ1`BHQ1 λem 570 нм в 480–580 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 39%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 39% `T-BHQ1`BHQ1 λem 570 нм в 480–580 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 39%; позиции: X. `RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 22% `RTQ1`RTQ1 λem 570 нм в 470–570 нм, Δabs 50 нм. Спектральное перекрытие 22%; позиции: 5′/3′.
10	`Cy3 sulfo` Cy3	550/570	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 57% `BHQ2`BHQ2 λem 570 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 57% `T-BHQ2`BHQ2 λem 570 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: X. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 39% `BHQ1`BHQ1 λem 570 нм в 480–580 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 39%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 39% `T-BHQ1`BHQ1 λem 570 нм в 480–580 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 39%; позиции: X. `RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 22% `RTQ1`RTQ1 λem 570 нм в 470–570 нм, Δabs 50 нм. Спектральное перекрытие 22%; позиции: 5′/3′.
11	`T-Сy3` Сy3	550/570	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 57% `BHQ2`BHQ2 λem 570 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 57% `T-BHQ2`BHQ2 λem 570 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: X. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 39% `BHQ1`BHQ1 λem 570 нм в 480–580 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 39%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 39% `T-BHQ1`BHQ1 λem 570 нм в 480–580 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 39%; позиции: X. `RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 22% `RTQ1`RTQ1 λem 570 нм в 470–570 нм, Δabs 50 нм. Спектральное перекрытие 22%; позиции: 5′/3′.
12	`5TAMRA-Pro` TAMRA	555/576	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 66% `BHQ2`BHQ2 λem 576 нм в 550–650 нм, Δabs 1 нм. Спектральное перекрытие 66%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 66% `T-BHQ2`BHQ2 λem 576 нм в 550–650 нм, Δabs 1 нм. Спектральное перекрытие 66%; позиции: X. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 29% `BHQ1`BHQ1 λem 576 нм в 480–580 нм, Δabs 41 нм. Спектральное перекрытие 29%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 29% `T-BHQ1`BHQ1 λem 576 нм в 480–580 нм, Δabs 41 нм. Спектральное перекрытие 29%; позиции: X.
13	`6TAMRA-HP` TAMRA	555/576	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 66% `BHQ2`BHQ2 λem 576 нм в 550–650 нм, Δabs 1 нм. Спектральное перекрытие 66%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 66% `T-BHQ2`BHQ2 λem 576 нм в 550–650 нм, Δabs 1 нм. Спектральное перекрытие 66%; позиции: X. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 29% `BHQ1`BHQ1 λem 576 нм в 480–580 нм, Δabs 41 нм. Спектральное перекрытие 29%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 29% `T-BHQ1`BHQ1 λem 576 нм в 480–580 нм, Δabs 41 нм. Спектральное перекрытие 29%; позиции: X.
14	`T-TAMRA` TAMRA	550/580	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 71% `BHQ2`BHQ2 λem 580 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 71%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 71% `T-BHQ2`BHQ2 λem 580 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 71%; позиции: X. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 23% `BHQ1`BHQ1 λem 580 нм в 480–580 нм, Δabs 45 нм. Спектральное перекрытие 23%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 23% `T-BHQ1`BHQ1 λem 580 нм в 480–580 нм, Δabs 45 нм. Спектральное перекрытие 23%; позиции: X.
15	`TAMRA`	550/580	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 71% `BHQ2`BHQ2 λem 580 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 71%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 71% `T-BHQ2`BHQ2 λem 580 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 71%; позиции: X. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 23% `BHQ1`BHQ1 λem 580 нм в 480–580 нм, Δabs 45 нм. Спектральное перекрытие 23%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 23% `T-BHQ1`BHQ1 λem 580 нм в 480–580 нм, Δabs 45 нм. Спектральное перекрытие 23%; позиции: X.
16	`Cy3.5`	581/596	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 91% `BHQ2`BHQ2 λem 596 нм в 550–650 нм, Δabs 21 нм. Спектральное перекрытие 91%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 91% `T-BHQ2`BHQ2 λem 596 нм в 550–650 нм, Δabs 21 нм. Спектральное перекрытие 91%; позиции: X.
17	`5ROX-HP` ROX	578/604	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 90% `BHQ2`BHQ2 λem 604 нм в 550–650 нм, Δabs 29 нм. Спектральное перекрытие 90%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 90% `T-BHQ2`BHQ2 λem 604 нм в 550–650 нм, Δabs 29 нм. Спектральное перекрытие 90%; позиции: X.
18	`6ROX-HP` ROX	578/604	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 90% `BHQ2`BHQ2 λem 604 нм в 550–650 нм, Δabs 29 нм. Спектральное перекрытие 90%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 90% `T-BHQ2`BHQ2 λem 604 нм в 550–650 нм, Δabs 29 нм. Спектральное перекрытие 90%; позиции: X.
19	`LC Red 610`	590/610	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 81% `BHQ2`BHQ2 λem 610 нм в 550–650 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 81%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 81% `T-BHQ2`BHQ2 λem 610 нм в 550–650 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 81%; позиции: X.
20	`ROX`	580/610	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 81% `BHQ2`BHQ2 λem 610 нм в 550–650 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 81%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 81% `T-BHQ2`BHQ2 λem 610 нм в 550–650 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 81%; позиции: X.
21	`T-ROX` ROX	580/610	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 81% `BHQ2`BHQ2 λem 610 нм в 550–650 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 81%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 81% `T-BHQ2`BHQ2 λem 610 нм в 550–650 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 81%; позиции: X.
22	`6Sy630-HP` Sy630	610/630	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 50% `BHQ2`BHQ2 λem 630 нм в 550–650 нм, Δabs 55 нм. Спектральное перекрытие 50%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 50% `T-BHQ2`BHQ2 λem 630 нм в 550–650 нм, Δabs 55 нм. Спектральное перекрытие 50%; позиции: X. `BHQ3` 620–730 нм, abs 670 нм 37% `BHQ3`BHQ3 λem 630 нм в 620–730 нм, Δabs 40 нм. Спектральное перекрытие 37%; позиции: 5′/3′.
23	`LC Red 640`	625/640	`BHQ3` 620–730 нм, abs 670 нм 51% `BHQ3`BHQ3 λem 640 нм в 620–730 нм, Δabs 30 нм. Спектральное перекрытие 51%; позиции: 5′/3′. `BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 34% `BHQ2`BHQ2 λem 640 нм в 550–650 нм, Δabs 65 нм. Спектральное перекрытие 34%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 34% `T-BHQ2`BHQ2 λem 640 нм в 550–650 нм, Δabs 65 нм. Спектральное перекрытие 34%; позиции: X.
24	`Cy5`	645/670	`BHQ3` 620–730 нм, abs 670 нм 94% `BHQ3`BHQ3 λem 670 нм в 620–730 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 94%; позиции: 5′/3′.
25	`T-Cy5` Cy5	645/670	`BHQ3` 620–730 нм, abs 670 нм 94% `BHQ3`BHQ3 λem 670 нм в 620–730 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 94%; позиции: 5′/3′.
26	`T-Сy5` Сy5	649/670	`BHQ3` 620–730 нм, abs 670 нм 94% `BHQ3`BHQ3 λem 670 нм в 620–730 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 94%; позиции: 5′/3′.
27	`Cy5.5`	680/705	`BHQ3` 620–730 нм, abs 670 нм 57% `BHQ3`BHQ3 λem 705 нм в 620–730 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: 5′/3′.

Доступные флуорофоры

Список меток, которые можно использовать как сигнальную часть зонда. Em используется для предварительного подбора гасителя.

Sy698-C3-N3 краситель Sy698 Ex — · Em — dT-6FAM-C8N3 Внутренний 6FAM через клик-химию на длинном линкере Ex 495 нм · Em 520 нм FAM Карбоксифлуоресцеин Ex 490 нм · Em 520 нм T-FAM 6-карбокси-флуоресцеин (внутр. T) Ex 495 нм · Em 520 нм TET 6-карбокси-тетрахлор-флуоресцеин Ex 521 нм · Em 536 нм JOE 6-карбокси-4',5'-дихлор-2',7'-диметокси-флуоресцеин Ex 520 нм · Em 545 нм T-R6G Карбоксиродамин- 6G (внут. T) Ex 525 нм · Em 548 нм R6G Карбоксиродамин-6G Ex 520 нм · Em 550 нм HEX 6-карбокси-гексахлор-флуоресцеин Ex 535 нм · Em 556 нм Cy3 Индокарбоцианин Ex 550 нм · Em 570 нм Cy3 sulfo Cy3 sulfo Ex 550 нм · Em 570 нм T-Сy3 Cy3 (внут. T) Ex 550 нм · Em 570 нм 5TAMRA-Pro 5-карбокситетраметилродамин -пролинол Ex 555 нм · Em 576 нм 6TAMRA-HP 6-тетраметил-аминокарбоксиродамин-гидроскипиперидин Ex 555 нм · Em 576 нм T-TAMRA 6-карбокситетраметил-родамин (внутр Т) Ex 550 нм · Em 580 нм TAMRA Карбокситетраметил-родамин Ex 550 нм · Em 580 нм Cy3.5 Дибензоиндо-карбоцианин Ex 581 нм · Em 596 нм 5ROX-HP 5-карбокси-X-родамин-гидроксипипиридин Ex 578 нм · Em 604 нм 6ROX-HP 6-карбоски- X-родамин-гидроксипипиридин Ex 578 нм · Em 604 нм LC Red 610 LC Red 610 Ex 590 нм · Em 610 нм ROX Карбокси-Х-родамин Ex 580 нм · Em 610 нм T-ROX 6-карбокси-Х-родамин (внутр. T) Ex 580 нм · Em 610 нм 6Sy630-HP 6-карбокси-родамин-630-гидроксипипиридин Ex 610 нм · Em 630 нм LC Red 640 LC Red 640 Ex 625 нм · Em 640 нм Cy5 Индодикарбоцианин Ex 645 нм · Em 670 нм T-Cy5 Cy5 (внут. T) Ex 645 нм · Em 670 нм T-Сy5 Су5 (внут. Т) Ex 649 нм · Em 670 нм Cy5.5 Дибензоиндо-дикарбоцианин Ex 680 нм · Em 705 нм Cy7.5 Cy7.5 Ex 788 нм · Em 808 нм

Доступные гасители

Гаситель подбирается так, чтобы максимум эмиссии красителя попадал в рабочий диапазон гашения.

MGB minor groove binding Abs — · — SH Тио Abs — · — 5'-RTQ1 амедит RTQ1 на 5'-конец Abs 520 нм · 470–570 нм RTQ1 Real Time Quencher-1 Abs 520 нм · 470–570 нм BHQ1 Black Hole Quencher-1 Abs 535 нм · 480–580 нм T-BHQ1 Black Hole Quencher-1 - внутр. dT Abs 535 нм · 480–580 нм BHQ2 Black Hole Quencher-2 Abs 575 нм · 550–650 нм T-BHQ2 Black Hole Quencher-2 - внутр. dT Abs 575 нм · 550–650 нм BHQ3 Black Hole Quencher-3 Abs 670 нм · 620–730 нм

Следующий шаг

Перейдите от подбора к конструкции зонда

Добавьте последовательность и выбранные модификации в расширенной форме заказа.

Перейти к заказу Настроить одну позицию

Определите конструкцию

Сопоставьте спектры

Проверьте ограничения

Гаситель подавляет сигнал, пока конструкция остаётся целой

Последовательность

Флуорофор

Гаситель

Фон

Несколько мишеней требуют спектрально разделимых каналов

Разделение каналов

Перекрытие с гасителем

Спектральный bleed-through

Прибор

Тип зонда определяет расположение меток и требования к дизайну

TaqMan / линейные гидролизные зонды

Molecular Beacons

Hybridization Probes

Scorpions

Для зонда критична доля полностью собранных молекул

Двухэтапная очистка

Спектрофотометрия

Капиллярный электрофорез

Рабочая проверка

Перед выбором параметров

Соберите запись зонда перед заказом

Типы зондов

TaqMan Probes

Что это

Когда выбирать

Почему удобно

Нюансы

Molecular Beacons

Что это

Когда выбирать

Почему удобно

Нюансы

Hybridization (FRET) Probes

Что это

Когда выбирать

Почему удобно

Нюансы

Scorpion Probes

Что это

Когда выбирать

Почему удобно

Нюансы

Практический чек-лист для зонда

Рекомендуемые пары флуорофор–гаситель

Доступные флуорофоры

Доступные гасители

Перейдите от подбора к конструкции зонда

Assistant

Что нужно сделать?