Fluorescence detection

Choose a probe design and spectral pair

Selection starts with probe design and detection channel. Fluorophore–quencher recommendations use the spectral properties of available modifications.

Configure and calculate About synthesis

Review the parameter Choose in configurator Submit request

Define the design

Probe design determines label and quencher position requirements.

Match the spectra

Fluorophore emission should fall within the quencher operating range.

Review constraints

Consider available positions, notation, and assay-design requirements.

Real-time PCR

A probe combines a target-specific sequence, fluorophore, and quencher

A bright dye alone is not enough. Sequence, instrument channel, emission spectrum, quenching range, label positions, and purification must work together.

2 labels linear hydrolysis probe

The fluorophore produces signal while the quencher suppresses it until separation.

>95% purified-probe purity

High purity reduces background from incomplete constructs.

0.5 OD minimum reference

For a 20-mer, at least 0.5 OD or 250 pmol is described for a small number of reactions.

1–100 OD characterized probe

A wide amount range is described for an established construct.

Mechanism

The quencher suppresses signal while the construct remains intact

In a hydrolysis probe, fluorophore and quencher share one chain. Their separation during amplification increases fluorescence.

Sequence

The probe hybridizes to the target between forward and reverse primers.

Fluorophore

Instrument filters must support the dye excitation and emission.

Quencher

Its absorption range must overlap fluorophore emission.

Background

Fluorophore-only incomplete products increase baseline signal.

Multiplexing

Multiple targets require spectrally separable channels

Different dyes and compatible quenchers are selected with the instrument filter set in mind.

Channel separation

Emission maxima should be sufficiently separated.

Quencher overlap

Each dye emission must fall within the selected quencher range.

Bleed-through

Strong spectral overlap may require compensation.

Instrument

Available filters are a hard design constraint.

Designs

Probe type determines label placement and design rules

Syntol describes production for several molecular real-time PCR schemes.

TaqMan / linear hydrolysis probes

A fluorophore–quencher pair on one sequence.

Molecular Beacons

A stem-loop brings labels together until target hybridization.

Hybridization Probes

Signal forms when two probes bind close together.

Scorpions

Primer and probe are combined in one specialized construct.

Purification and control

The fraction of fully assembled molecules is critical

Incomplete fluorescent constructs create background, so probes require intensive purification and post-synthetic checks.

Two-stage purification

PAGE and reverse-phase HPLC are used for fluorescent constructs.

Spectrophotometry

Measures amount and optical contributions.

Capillary electrophoresis

May assess selected fluorescein-labeled products.

Assay validation

Final performance still depends on sequence design and PCR conditions.

Practical questions

Before choosing the parameters

How should a quencher be selected?

Confirm emission overlap first, then consider position, instrument, and construct background.

Why can one natural symbol appear in several records?

One chemistry may have multiple technical symbols, positions, or spectral profiles.

Can every recommended pair be used directly?

No. Spectral compatibility does not replace instrument-channel and sequence-design checks.

qPCR-зонды

Соберите запись зонда перед заказом

Page помогает перейти от выбора флуорофора и гасителя к rowsе sequence, которую можно вставить в ручной ввод или Excel-импорт.

Открыть заказ Каталог меток

Позиционно корректные примеры из справочника используются только варианты, допустимые на 5′ и 3′

FAM + RTQ1 FAM/ACATAGA/RTQ1 спектральное перекрытие 100% TET + BHQ1 TET/ACATAGA/BHQ1 спектральное перекрытие 91% JOE + BHQ1 JOE/ACATAGA/BHQ1 спектральное перекрытие 77% R6G + BHQ1 R6G/ACATAGA/BHQ1 спектральное перекрытие 70% FAM + RTQ1 + MGB FAM/ACATAGA/RTQ1/MGB MGB-вариант: гаситель должен стоять перед MGB

Типы зондов

Выберите архитектуру под задачу. Для стандартной qPCR чаще всего достаточно TaqMan-зонда с флуорофором на 5′ и гасителем на 3′.

TaqMan Probes

Классические зонды для real-time PCR

Что это

TaqMan-зонды — линейные ДНК-зонды с флуорофором и гасителем на концах. Во время ПЦР зонд разрушается полимеразой, и появляется флуоресцентный сигнал.

Когда выбирать

Количественная qPCR
Диагностические тесты
Мультиплекс-анализ
Рутинные и клинические задачи

Почему удобно

Высокая чувствительность
Надёжный и воспроизводимый сигнал
Хорошо работают в стандартных протоколах

Нюансы

Требуется полимераза с 5′→3′ экзонуклеазной активностью
Зонд разрушается в процессе реакции
Важно корректно подобрать дизайн и модификации

Molecular Beacons

Шпилькообразные зонды с максимальной специфичностью

Что это

Molecular Beacon — зонд в форме шпильки. Он светится только тогда, когда связывается строго с нужной последовательностью.

Когда выбирать

Детекция SNP и точечных мутаций
Аллель-специфические анализы
Различие близких последовательностей

Почему удобно

Очень высокая специфичность
Отлично различают даже одну замену нуклеотида
Зонд не разрушается и работает многократно

Нюансы

Более сложный дизайн
Требуют оптимизации условий реакции
Обычно менее чувствительны, чем TaqMan

Hybridization (FRET) Probes

Парные зонды для FRET-детекции

Что это

Hybridization-зонды работают в паре: один зонд с флуорофором-донором, второй — с акцептором. Сигнал возникает, когда оба зонда связываются рядом на матрице.

Когда выбирать

Анализы на платформах LightCycler
Высокоспецифичная детекция
Анализ мутаций и плавления

Почему удобно

Не требуется гидролиз зонда
Высокая точность
Хороший контроль специфичности

Нюансы

Используются два олигонуклеотида
Нет классического гасителя
Более сложная настройка реакции

Scorpion Probes

Зонд и праймер в одной молекуле

Что это

Scorpion-зонды совмещают праймер и флуоресцентный зонд в одной молекуле. Сигнал возникает за счёт внутримолекулярного связывания.

Когда выбирать

Быстрая детекция
Специальные или исследовательские задачи
Когда важна скорость реакции

Почему удобно

Очень быстрый отклик
Высокая чувствительность
Компактная молекулярная архитектура

Нюансы

Сложный синтез
Ограничения по дизайну
Используются реже, чем TaqMan или Beacons

Не уверены, какой тип зонда выбрать?

В большинстве qPCR-задач оптимальным выбором являются TaqMan-зонды. Для мутаций и SNP чаще используют Molecular Beacons.

Перейти к заказу Fluorophores and quenchers

Практический чек-лист для зонда

Перед добавлением в запрос проверьте не только пару краситель–гаситель, но и архитектуру зонда. Это помогает заранее устранить замечания к последовательности и параметрам.

1Выберите тип зонда

TaqMan для большинства qPCR, Molecular Beacon для SNP/мутаций, FRET для парных hybridization-протоколов.

2Поставьте метки в допустимые позиции

Классический TaqMan: флуорофор на 5′-конце, гаситель на 3′-конце. Для внутренних меток используйте только внутренне допустимые модификации.

3Проверьте спектральное перекрытие

λem флуорофора должна попадать в рабочий диапазон гасителя. Ниже таблица показывает лучшие пары из текущего справочника.

4Выберите строгую очистку

Для зондов обычно нужна ВЭЖХ или ПААГ + ВЭЖХ, особенно при двух модификациях и диагностических задачах.

Примеры записи sequence

Такой формат можно вставить в ручной ввод, импорт из текста или rowsу Excel.

TaqManFAM/ACATAGA/BHQ1 MGB-зондFAM/ACATAGA/BHQ1/MGB Внутренняя меткаAC(T-FAM)ATAGA/BHQ1

Открыть заказ

Рекомендуемые пары флуорофор–гаситель

Предварительная оценка спектрального перекрытия показывает, насколько эмиссия флуорофора попадает в рабочий диапазон гасителя. Она не заменяет проверку экспериментального дизайна.

#	Симв. код	Ex / Em	Рекомендуемые гасители
1	`dT-6FAM-C8N3` FAM	495/520	`RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 100% `RTQ1`RTQ1 λem 520 нм в 470–570 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 100%; позиции: 5′/3′. `5'-RTQ1`RTQ1 470–570 нм, abs 520 нм 100% `5'-RTQ1`RTQ1 λem 520 нм в 470–570 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 100%; позиции: 5′. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 84% `BHQ1`BHQ1 λem 520 нм в 480–580 нм, Δabs 15 нм. Спектральное перекрытие 84%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 84% `T-BHQ1`BHQ1 λem 520 нм в 480–580 нм, Δabs 15 нм. Спектральное перекрытие 84%; позиции: X.
2	`FAM`	490/520	`RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 100% `RTQ1`RTQ1 λem 520 нм в 470–570 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 100%; позиции: 5′/3′. `5'-RTQ1`RTQ1 470–570 нм, abs 520 нм 100% `5'-RTQ1`RTQ1 λem 520 нм в 470–570 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 100%; позиции: 5′. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 84% `BHQ1`BHQ1 λem 520 нм в 480–580 нм, Δabs 15 нм. Спектральное перекрытие 84%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 84% `T-BHQ1`BHQ1 λem 520 нм в 480–580 нм, Δabs 15 нм. Спектральное перекрытие 84%; позиции: X.
3	`T-FAM` FAM	495/520	`RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 100% `RTQ1`RTQ1 λem 520 нм в 470–570 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 100%; позиции: 5′/3′. `5'-RTQ1`RTQ1 470–570 нм, abs 520 нм 100% `5'-RTQ1`RTQ1 λem 520 нм в 470–570 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 100%; позиции: 5′. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 84% `BHQ1`BHQ1 λem 520 нм в 480–580 нм, Δabs 15 нм. Спектральное перекрытие 84%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 84% `T-BHQ1`BHQ1 λem 520 нм в 480–580 нм, Δabs 15 нм. Спектральное перекрытие 84%; позиции: X.
4	`TET`	521/536	`BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 91% `BHQ1`BHQ1 λem 536 нм в 480–580 нм, Δabs 1 нм. Спектральное перекрытие 91%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 91% `T-BHQ1`BHQ1 λem 536 нм в 480–580 нм, Δabs 1 нм. Спектральное перекрытие 91%; позиции: X. `RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 75% `RTQ1`RTQ1 λem 536 нм в 470–570 нм, Δabs 16 нм. Спектральное перекрытие 75%; позиции: 5′/3′. `5'-RTQ1`RTQ1 470–570 нм, abs 520 нм 75% `5'-RTQ1`RTQ1 λem 536 нм в 470–570 нм, Δabs 16 нм. Спектральное перекрытие 75%; позиции: 5′.
5	`JOE`	520/545	`BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 77% `BHQ1`BHQ1 λem 545 нм в 480–580 нм, Δabs 10 нм. Спектральное перекрытие 77%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 77% `T-BHQ1`BHQ1 λem 545 нм в 480–580 нм, Δabs 10 нм. Спектральное перекрытие 77%; позиции: X. `RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 61% `RTQ1`RTQ1 λem 545 нм в 470–570 нм, Δabs 25 нм. Спектральное перекрытие 61%; позиции: 5′/3′. `5'-RTQ1`RTQ1 470–570 нм, abs 520 нм 61% `5'-RTQ1`RTQ1 λem 545 нм в 470–570 нм, Δabs 25 нм. Спектральное перекрытие 61%; позиции: 5′.
6	`T-R6G` R6G	525/548	`BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 73% `BHQ1`BHQ1 λem 548 нм в 480–580 нм, Δabs 13 нм. Спектральное перекрытие 73%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 73% `T-BHQ1`BHQ1 λem 548 нм в 480–580 нм, Δabs 13 нм. Спектральное перекрытие 73%; позиции: X. `RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 57% `RTQ1`RTQ1 λem 548 нм в 470–570 нм, Δabs 28 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: 5′/3′. `5'-RTQ1`RTQ1 470–570 нм, abs 520 нм 57% `5'-RTQ1`RTQ1 λem 548 нм в 470–570 нм, Δabs 28 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: 5′.
7	`R6G`	520/550	`BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 70% `BHQ1`BHQ1 λem 550 нм в 480–580 нм, Δabs 15 нм. Спектральное перекрытие 70%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 70% `T-BHQ1`BHQ1 λem 550 нм в 480–580 нм, Δabs 15 нм. Спектральное перекрытие 70%; позиции: X. `RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 53% `RTQ1`RTQ1 λem 550 нм в 470–570 нм, Δabs 30 нм. Спектральное перекрытие 53%; позиции: 5′/3′. `5'-RTQ1`RTQ1 470–570 нм, abs 520 нм 53% `5'-RTQ1`RTQ1 λem 550 нм в 470–570 нм, Δabs 30 нм. Спектральное перекрытие 53%; позиции: 5′. `BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 26% `BHQ2`BHQ2 λem 550 нм в 550–650 нм, Δabs 25 нм. Спектральное перекрытие 26%; позиции: 5′/3′.
8	`HEX`	535/556	`BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 60% `BHQ1`BHQ1 λem 556 нм в 480–580 нм, Δabs 21 нм. Спектральное перекрытие 60%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 60% `T-BHQ1`BHQ1 λem 556 нм в 480–580 нм, Δabs 21 нм. Спектральное перекрытие 60%; позиции: X. `RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 44% `RTQ1`RTQ1 λem 556 нм в 470–570 нм, Δabs 36 нм. Спектральное перекрытие 44%; позиции: 5′/3′. `5'-RTQ1`RTQ1 470–570 нм, abs 520 нм 44% `5'-RTQ1`RTQ1 λem 556 нм в 470–570 нм, Δabs 36 нм. Спектральное перекрытие 44%; позиции: 5′. `BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 36% `BHQ2`BHQ2 λem 556 нм в 550–650 нм, Δabs 19 нм. Спектральное перекрытие 36%; позиции: 5′/3′.
9	`Cy3`	550/570	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 57% `BHQ2`BHQ2 λem 570 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 57% `T-BHQ2`BHQ2 λem 570 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: X. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 39% `BHQ1`BHQ1 λem 570 нм в 480–580 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 39%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 39% `T-BHQ1`BHQ1 λem 570 нм в 480–580 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 39%; позиции: X. `RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 22% `RTQ1`RTQ1 λem 570 нм в 470–570 нм, Δabs 50 нм. Спектральное перекрытие 22%; позиции: 5′/3′.
10	`Cy3 sulfo` Cy3	550/570	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 57% `BHQ2`BHQ2 λem 570 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 57% `T-BHQ2`BHQ2 λem 570 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: X. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 39% `BHQ1`BHQ1 λem 570 нм в 480–580 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 39%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 39% `T-BHQ1`BHQ1 λem 570 нм в 480–580 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 39%; позиции: X. `RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 22% `RTQ1`RTQ1 λem 570 нм в 470–570 нм, Δabs 50 нм. Спектральное перекрытие 22%; позиции: 5′/3′.
11	`T-Сy3` Сy3	550/570	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 57% `BHQ2`BHQ2 λem 570 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 57% `T-BHQ2`BHQ2 λem 570 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: X. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 39% `BHQ1`BHQ1 λem 570 нм в 480–580 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 39%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 39% `T-BHQ1`BHQ1 λem 570 нм в 480–580 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 39%; позиции: X. `RTQ1` 470–570 нм, abs 520 нм 22% `RTQ1`RTQ1 λem 570 нм в 470–570 нм, Δabs 50 нм. Спектральное перекрытие 22%; позиции: 5′/3′.
12	`5TAMRA-Pro` TAMRA	555/576	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 66% `BHQ2`BHQ2 λem 576 нм в 550–650 нм, Δabs 1 нм. Спектральное перекрытие 66%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 66% `T-BHQ2`BHQ2 λem 576 нм в 550–650 нм, Δabs 1 нм. Спектральное перекрытие 66%; позиции: X. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 29% `BHQ1`BHQ1 λem 576 нм в 480–580 нм, Δabs 41 нм. Спектральное перекрытие 29%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 29% `T-BHQ1`BHQ1 λem 576 нм в 480–580 нм, Δabs 41 нм. Спектральное перекрытие 29%; позиции: X.
13	`6TAMRA-HP` TAMRA	555/576	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 66% `BHQ2`BHQ2 λem 576 нм в 550–650 нм, Δabs 1 нм. Спектральное перекрытие 66%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 66% `T-BHQ2`BHQ2 λem 576 нм в 550–650 нм, Δabs 1 нм. Спектральное перекрытие 66%; позиции: X. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 29% `BHQ1`BHQ1 λem 576 нм в 480–580 нм, Δabs 41 нм. Спектральное перекрытие 29%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 29% `T-BHQ1`BHQ1 λem 576 нм в 480–580 нм, Δabs 41 нм. Спектральное перекрытие 29%; позиции: X.
14	`T-TAMRA` TAMRA	550/580	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 71% `BHQ2`BHQ2 λem 580 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 71%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 71% `T-BHQ2`BHQ2 λem 580 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 71%; позиции: X. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 23% `BHQ1`BHQ1 λem 580 нм в 480–580 нм, Δabs 45 нм. Спектральное перекрытие 23%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 23% `T-BHQ1`BHQ1 λem 580 нм в 480–580 нм, Δabs 45 нм. Спектральное перекрытие 23%; позиции: X.
15	`TAMRA`	550/580	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 71% `BHQ2`BHQ2 λem 580 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 71%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 71% `T-BHQ2`BHQ2 λem 580 нм в 550–650 нм, Δabs 5 нм. Спектральное перекрытие 71%; позиции: X. `BHQ1` 480–580 нм, abs 535 нм 23% `BHQ1`BHQ1 λem 580 нм в 480–580 нм, Δabs 45 нм. Спектральное перекрытие 23%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ1`BHQ1 480–580 нм, abs 535 нм 23% `T-BHQ1`BHQ1 λem 580 нм в 480–580 нм, Δabs 45 нм. Спектральное перекрытие 23%; позиции: X.
16	`Cy3.5`	581/596	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 91% `BHQ2`BHQ2 λem 596 нм в 550–650 нм, Δabs 21 нм. Спектральное перекрытие 91%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 91% `T-BHQ2`BHQ2 λem 596 нм в 550–650 нм, Δabs 21 нм. Спектральное перекрытие 91%; позиции: X.
17	`5ROX-HP` ROX	578/604	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 90% `BHQ2`BHQ2 λem 604 нм в 550–650 нм, Δabs 29 нм. Спектральное перекрытие 90%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 90% `T-BHQ2`BHQ2 λem 604 нм в 550–650 нм, Δabs 29 нм. Спектральное перекрытие 90%; позиции: X.
18	`6ROX-HP` ROX	578/604	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 90% `BHQ2`BHQ2 λem 604 нм в 550–650 нм, Δabs 29 нм. Спектральное перекрытие 90%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 90% `T-BHQ2`BHQ2 λem 604 нм в 550–650 нм, Δabs 29 нм. Спектральное перекрытие 90%; позиции: X.
19	`LC Red 610`	590/610	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 81% `BHQ2`BHQ2 λem 610 нм в 550–650 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 81%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 81% `T-BHQ2`BHQ2 λem 610 нм в 550–650 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 81%; позиции: X.
20	`ROX`	580/610	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 81% `BHQ2`BHQ2 λem 610 нм в 550–650 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 81%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 81% `T-BHQ2`BHQ2 λem 610 нм в 550–650 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 81%; позиции: X.
21	`T-ROX` ROX	580/610	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 81% `BHQ2`BHQ2 λem 610 нм в 550–650 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 81%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 81% `T-BHQ2`BHQ2 λem 610 нм в 550–650 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 81%; позиции: X.
22	`6Sy630-HP` Sy630	610/630	`BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 50% `BHQ2`BHQ2 λem 630 нм в 550–650 нм, Δabs 55 нм. Спектральное перекрытие 50%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 50% `T-BHQ2`BHQ2 λem 630 нм в 550–650 нм, Δabs 55 нм. Спектральное перекрытие 50%; позиции: X. `BHQ3` 620–730 нм, abs 670 нм 37% `BHQ3`BHQ3 λem 630 нм в 620–730 нм, Δabs 40 нм. Спектральное перекрытие 37%; позиции: 5′/3′.
23	`LC Red 640`	625/640	`BHQ3` 620–730 нм, abs 670 нм 51% `BHQ3`BHQ3 λem 640 нм в 620–730 нм, Δabs 30 нм. Спектральное перекрытие 51%; позиции: 5′/3′. `BHQ2` 550–650 нм, abs 575 нм 34% `BHQ2`BHQ2 λem 640 нм в 550–650 нм, Δabs 65 нм. Спектральное перекрытие 34%; позиции: 5′/3′. `T-BHQ2`BHQ2 550–650 нм, abs 575 нм 34% `T-BHQ2`BHQ2 λem 640 нм в 550–650 нм, Δabs 65 нм. Спектральное перекрытие 34%; позиции: X.
24	`Cy5`	645/670	`BHQ3` 620–730 нм, abs 670 нм 94% `BHQ3`BHQ3 λem 670 нм в 620–730 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 94%; позиции: 5′/3′.
25	`T-Cy5` Cy5	645/670	`BHQ3` 620–730 нм, abs 670 нм 94% `BHQ3`BHQ3 λem 670 нм в 620–730 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 94%; позиции: 5′/3′.
26	`T-Сy5` Сy5	649/670	`BHQ3` 620–730 нм, abs 670 нм 94% `BHQ3`BHQ3 λem 670 нм в 620–730 нм, Δabs 0 нм. Спектральное перекрытие 94%; позиции: 5′/3′.
27	`Cy5.5`	680/705	`BHQ3` 620–730 нм, abs 670 нм 57% `BHQ3`BHQ3 λem 705 нм в 620–730 нм, Δabs 35 нм. Спектральное перекрытие 57%; позиции: 5′/3′.

Доступные флуорофоры

Список меток, которые можно использовать как сигнальную часть зонда. Em используется для предварительного подбора гасителя.

Sy698-C3-N3 Sy698 Dye Ex — · Em — dT-6FAM-C8N3 Internal 6-FAM via Click Chemistry on a Long Linker Ex 495 нм · Em 520 нм FAM Carboxyfluorescein Ex 490 нм · Em 520 нм T-FAM 6-Carboxyfluorescein (Internal dT) Ex 495 нм · Em 520 нм TET 6-Carboxytetrachlorofluorescein Ex 521 нм · Em 536 нм JOE 6-Carboxy-4',5'-dichloro-2',7'-dimethoxyfluorescein Ex 520 нм · Em 545 нм T-R6G Carboxyrhodamine 6G (Internal dT) Ex 525 нм · Em 548 нм R6G Carboxyrhodamine 6G Ex 520 нм · Em 550 нм HEX 6-Carboxyhexachlorofluorescein Ex 535 нм · Em 556 нм Cy3 Indocarbocyanine Ex 550 нм · Em 570 нм Cy3 sulfo Cy3 sulfo Ex 550 нм · Em 570 нм T-Сy3 Cy3 (Internal dT) Ex 550 нм · Em 570 нм 5TAMRA-Pro 5-Carboxytetramethylrhodamine-Prolinol Ex 555 нм · Em 576 нм 6TAMRA-HP 6-Tetramethylaminocarboxyrhodamine Hydroxypiperidine Ex 555 нм · Em 576 нм T-TAMRA 6-Carboxytetramethylrhodamine (Internal dT) Ex 550 нм · Em 580 нм TAMRA Carboxytetramethylrhodamine Ex 550 нм · Em 580 нм Cy3.5 Dibenzoindocarbocyanine Ex 581 нм · Em 596 нм 5ROX-HP 5-Carboxy-X-Rhodamine Hydroxypiperidine Ex 578 нм · Em 604 нм 6ROX-HP 6-Carboxy-X-Rhodamine Hydroxypiperidine Ex 578 нм · Em 604 нм LC Red 610 LC Red 610 Ex 590 нм · Em 610 нм ROX Carboxy-X-Rhodamine Ex 580 нм · Em 610 нм T-ROX 6-Carboxy-X-Rhodamine (Internal dT) Ex 580 нм · Em 610 нм 6Sy630-HP 6-Carboxy-Rhodamine 630 Hydroxypiperidine Ex 610 нм · Em 630 нм LC Red 640 LC Red 640 Ex 625 нм · Em 640 нм Cy5 Indodicarbocyanine Ex 645 нм · Em 670 нм T-Cy5 Cy5 (Internal dT) Ex 645 нм · Em 670 нм T-Сy5 Cy5 (Internal dT) Ex 649 нм · Em 670 нм Cy5.5 Dibenzoindodicarbocyanine Ex 680 нм · Em 705 нм Cy7.5 Cy7.5 Ex 788 нм · Em 808 нм

Доступные гасители

Гаситель подбирается так, чтобы максимум эмиссии красителя попадал в рабочий диапазон гашения.

MGB minor groove binding Abs — · — SH Thiol Abs — · — 5'-RTQ1 RTQ1 Amidite for 5' End Abs 520 нм · 470–570 нм RTQ1 Real Time Quencher-1 Abs 520 нм · 470–570 нм BHQ1 Black Hole Quencher-1 Abs 535 нм · 480–580 нм T-BHQ1 Black Hole Quencher 1 (Internal dT) Abs 535 нм · 480–580 нм BHQ2 Black Hole Quencher-2 Abs 575 нм · 550–650 нм T-BHQ2 Black Hole Quencher 2 (Internal dT) Abs 575 нм · 550–650 нм BHQ3 Black Hole Quencher-3 Abs 670 нм · 620–730 нм

Next step

Move from selection to probe configuration

Add the sequence and selected modifications in the advanced order form.

Open configurator Configure one item

Define the design

Match the spectra

Review constraints

The quencher suppresses signal while the construct remains intact

Sequence

Fluorophore

Quencher

Background

Multiple targets require spectrally separable channels

Channel separation

Quencher overlap

Bleed-through

Instrument

Probe type determines label placement and design rules

TaqMan / linear hydrolysis probes

Molecular Beacons

Hybridization Probes

Scorpions

The fraction of fully assembled molecules is critical

Two-stage purification

Spectrophotometry

Capillary electrophoresis

Assay validation

Before choosing the parameters

Соберите запись зонда перед заказом

Типы зондов

TaqMan Probes

Что это

Когда выбирать

Почему удобно

Нюансы

Molecular Beacons

Что это

Когда выбирать

Почему удобно

Нюансы

Hybridization (FRET) Probes

Что это

Когда выбирать

Почему удобно

Нюансы

Scorpion Probes

Что это

Когда выбирать

Почему удобно

Нюансы

Практический чек-лист для зонда

Рекомендуемые пары флуорофор–гаситель

Доступные флуорофоры

Доступные гасители

Move from selection to probe configuration

Assistant

What do you need to do?