Выявление ДНК стеблевой нематоды картофеля набором реагентов «Ditylenchus destructor-РВ»

Ditylenchus destructor Thorne, 1945

Ditylenchus destructor Thorne, 1945, или стеблевая нематода картофеля — патоген, поражающий свыше 100 видов растений. Широко распространён в странах Африки, Северной и Южной Америки, Азии, Европы и Океании. В России нематода встречается на западе страны, центральных регионах, в Сибири и на Кавказе.

Основным растением-хозяином стеблевой нематоды является картофель (Solanum tuberosum), также к числу восприимчивых растений относится большое количество сельскохозяйственных и декоративных культур: Humulus lupulus, Dahlia spp, Tulipa spp, Gladiolus spp, Taraxacum officinale, Iris spp. При отсутствии растения-хозяина D. destructor способен размножаться на мицелии некоторых видов грибов. Нематода сохраняется в почве, сорняках и растительных остатках, остаётся жизнеспособной при низких температурах и в условиях засухи.

В большинстве случаев D. destructor поражает подземные части растений, иногда проникает в основание стебля и надземные части. Общие для всех растений признаки заражения стеблевой нематодой: изменение цвета, карликовость, скручивание листьев, деформация для надземных частей, изменение цвета, некроз и гниение для подземных частей (луковицы, клубни). Инфицирование картофеля характеризуется продолжительным бессимптомным периодом. Признаки заражения проявляются на этапах уборки или хранения клубней (слегка вдавленные серовато-бурые или свинцовые пятна). Поражённые D. destructor клубни картофеля изменяют цвет, гниют. Кроме того, растение становится уязвимым к вторичному заражению другими фитопатогенными организмами.

Набор реагентов «Ditylenchus destructor-РВ»

Набор может быть использован в лабораторных центрах и институтах, проводящих контроль фитосанитарного состояния растений, в том числе посадочного материала, в целях обнаружения Ditylenchus destructor. Набор позволяет качественно определить, содержится ли в образце ДНК Ditylenchus destructor.

Набор реагентов «Ditylenchus destructor-РВ» позволяет одновременно выявлять в одной реакционной смеси специфичный фрагмент ДНК Ditylenchus destructor — по каналу флуоресценции FAM/Green, а также внутренний положительный контроль (ВПК) — по каналу флуоресценции HEX/Yellow. Реакция ВПК необходима для исключения ложноотрицательных результатов.

• Чувствительность
  Чувствительность ПЦР при использовании набора реагентов «Ditylenchus destructor-РВ» — не менее 1,0*10³ копий ДНК в миллилитре пробы.
• Специфичность
  Ложноотрицательные результаты при анализе образцов, содержащих ДНК целевого объекта, отсутствовали. Ложноположительные результаты при анализе образцов ДНК, не содержащих специфические фрагменты ДНК Ditylenchus destructor, отсутствовали.

Апробация и примеры анализа

Набор реагентов апробирован на следующих приборах: «АНК-32 (32М, 48)» (ИАП РАН, г. Санкт-Петербург, Россия), «CFX96» («BioRad», США), «Rotor Gene» (Qiagen), «DT» («ДНК-технология», Россия), QuantStudio 5 (Thermo Fisher Scientific, США), Gentier 96Е (Tianlong, Китай).