Выявление ДНК возбудителя фомозной пятнистости листьев картофеля набором реагентов «Stagonosporopsis andigena-РВ»

Фитопатогенный гриб Stagonosporopsis andigena (Turkenst.) Aveskamp, Gruyter & Verkley

Stagonosporopsis andigena (Turkenst.) Aveskamp, Gruyter & Verkley — фитопатогенный гриб семейства Didymellaceae, возбудитель фомозной пятнистости листьев картофеля. Впервые был описан Turkensteen как Phoma andina, но позже был переименован в Phoma andigena. На основании морфологии и филогенетических анализов реклассифицирован как S. andigena в 2010 г (EFSA Panel on Plant Health, 2018:16(10)).

S. andigena — аборигенный вид, распространённый на территории Анд Южной Америки. По сообщениям ЕОКЗР, также присутствует в Боливии и Перу. Внесен ЕОКЗР в список карантинных вредных организмов категории А1 и является потенциально опасным патогеном для картофелеводческих регионов.

Основным растением-хозяином S. andigena является картофель, кроме того, фитопатоген способен поражать и другие клубнеобразующие растения рода Solanum. Чаще всего это S. phureja, S. goniocalyx, S. medians и некоторые другие паслёновые дикорастущие и сорные растения. По некоторым сообщениям, томат (S. lycopersicum) был зарегистрирован как растение-хозяин S. andigena, однако эти данные не получили достоверного подтверждения. Вероятно, в этом исследовании шла речь о близкородственном фитопатогенном грибе S. crystalliniformis, поражающем как томаты, так и картофель (EFSA Panel on Plant Health, 2018:16(10)).

S. andigena трудно идентифицировать исключительно на основе морфологии патогена, ассоциации с растением-хозяином, проявлении симптомов у заражённых растений. Подобные внешние симптомы заражения характерны для других фитопатогенных грибов, поражающих картофель (например, Alternaria solani), при этом морфология пикнид и пикнидиоспор сходна другими близкородственными таксонами.

S. andigena поражает листья, стебли и черешки растений картофеля: на листьях появляются концентрические поражения, обычно чёрного цвета. На ранних стадиях инфекция затрагивает старые листья, по мере прогрессирования распространяется далее, при этом многочисленные поражения могут сливаться и увеличиваться в размерах. Листовая пластина больных растений выглядит обожжённой. Существуют данные о том, что S. andigena не поражает подземные части растений (Turkensteen LJ, 1978).

Возбудитель способен сохраняться в растительных остатках и почве, образовывая при этом пикниды с пикнидиоспорами. Благоприятными условиями для инфицирования являются температурный режим ниже 15 °С и высокая влажность. Листья картофеля заражаются пикнидиоспорами, распространению которых способствуют дожди или проводимые ирригационные мероприятия.

Набор реагентов «Stagonosporopsis andigena-РВ»

Набор реагентов для выявления ДНК возбудителя фомозной пятнистости листьев картофеля методом полимеразной цепной реакции в реальном времени.

Набор может быть использован в лабораторных центрах и институтах, проводящих контроль фитосанитарного состояния растений, в том числе посадочного материала в целях обнаружения Stagonosporopsis andigena. Набор позволяет качественно определить, содержится ли в образце ДНК Stagonosporopsis andigena.

Набор реагентов «Stagonosporopsis andigena-РВ» позволяет одновременно выявлять в одной реакционной смеси специфичный фрагмент ДНК Stagonosporopsis andigena — по каналу флуоресценции FAM/Green, а также внутренний положительный контроль (ВПК) — по каналу флуоресценции R6G/HEX/Yellow/VIС. Реакция ВПК необходима для исключения ложноотрицательных результатов.

• Чувствительность

  Чувствительность ПЦР при использовании набора реагентов «Stagonosporopsis andigena-РВ» — не менее 2,0*103 копий ДНК в миллилитре пробы.

• Специфичность

  Ложноотрицательные результаты при анализе образцов, содержащих ДНК целевого объекта, отсутствовали. Ложноположительные результаты при анализе образцов ДНК, не содержащих специфические фрагменты ДНК Stagonosporopsis andigena, отсутствовали.

Апробация и примеры анализа

Набор реагентов апробирован на следующих приборах: «АНК-32 (32М, 48)» (ИАП РАН, г. Санкт-Петербург, Россия), «CFX96» («BioRad», США), «Rotor Gene» (Qiagen), «DT» («ДНК-технология», Россия), QuantStudio 5 (Thermo Fisher Scientific, США).