Блог

«Фитоскрин» - технология быстрой молекулярно-генетической диагностики заболеваний растений

11.01.2024 Фитопатогены 5 минут чтения

Стремительно развивающаяся технология «Фитоскрин» быстрой молекулярно-генетической диагностики заболеваний растений методом ПЦР в реальном времени состоит из трех основных этапов

Первый этап: Подготовка и экстракция нуклеиновых кислот

Оригинальные реагенты и сорбирующие частицы, используемые в наборах для выделения нуклеиновых кислот, обеспечивают максимальное количество чистой ДНК/РНК. Этот подход позволяет значительно упростить и автоматизировать процесс выделения, обеспечивая высокую эффективность и точность результатов.

Преимущества наборов реагентов компании ООО «Синтол»

Высокое качество и эффективность выделения нуклеиновых кислот.
Оптимизированное время выделения.
Минимальный расход пластиковых материалов.
Доступная стоимость наборов реагентов.
Возможность полной автоматизации процесса выделения.

Набор реагентов «ФитоСорб»

Для эффективной гомогенизации растительных образцов мы предлагаем набор реагентов «ФитоСорб‑П», содержащий пробирки с экстрагирующим буфером и керамическими шариками для гомогенизации на гомогенизаторе Precellys Evolution или аналогичных.

Набор реагентов «Сорб-ГМО-Б»

Набор реагентов «ДНК-Экстран-3»

Набор реагентов «Фитоскрин-Экспресс»

Набор поддерживает тенденцию к автоматизации лабораторного процесса и позволяет увеличить пропускную способность диагностических лабораторий путем выделения нуклеиновых кислот из растительного материала как ручным способом, так и на автоматизированных станциях KingFisher Flex System или/и их аналогах.

Для успешного выделения нуклеиновых кислот из растительного материала с применением наборов реагентов производства ООО «Синтол» предлагаем следовать следующим рекомендациям

Название	Время выделения	РНК вирусы/вироиды	ДНК бактерии	ДНК грибы	ДНК растений	ДНК из чистой культуры (грибы/бактерии)
ФитоСорб только для образцов с низким содержанием вторичных метаболитов (картофель, овощные)	40 мин
Сорб-ГМО-Б хорошо подходит для выделения высокобелковых и образцов с высоким содержанием вторичных метаболитов (бобовые, зерновые, виноград, плодово-ягодные)	110 мин
ЦитоСорб подходит для образцов с высоким содержанием вторичных метаболитов (виноград, плодово-ягодные)	50 мин
ДНК-экстран-3 подходит для простых для выделения НК образцов (культуры грибов/бактерий, выделение ДНК из молодых листьев) НЕ ПОДХОДИТ ДЛЯ ВЫДЕЛЕНИЯ РНК ВИРУСОВ!	120 мин
Фитоскрин-Экспресс хорошо подходит для выделения высокобелковых и образцов с высоким содержанием вторичных метаболитов (бобовые, зерновые, виноград, плодово-ягодные)	36 мин/96 образцов на автоматической станции выделения НК 45 мин/12 образцов ручным способом

Второй этап: Обнаружение ДНК/РНК фитопатогенов методом ПЦР в реальном времени

Мы предлагаем высококачественные наборы реагентов для ПЦР в реальном времени, обеспечивающие точное выявление ДНК/РНК фитопатогенов. Эти наборы обладают рядом важных преимуществ

Минимизация ошибок и экономия пластика

Реакции обратной транскрипции и ПЦР при выявлении РНК-содержащих вирусов и вироидов проводятся совместно в одной пробирке, что позволяет уменьшить вероятность ошибок при постановках реакций и контаминации, а также расход пластика

Совместимость

Наборы ПЦР-реагентов адаптированы для наиболее распространённых в России приборов для ПЦР в реальном времени («АНК-32/М/48» (ИАП РАН, Россия), «CFX-96» («BioRad», США), «Rotor Gene 6000/Q» (Qiagen), «DT Prime/Lite» («ДНК-технология», Россия), «LightCycler96» («Roche», Германия), «QuantStudio5» (Applied Biosystems™, США).

Высокая чувствительность

Чувствительность наборов реагентов составляет от 1 до 20 копий ДНК/кДНК на реакцию

Подтвержденная специфичность

Специфичность ПЦР-РВ подтверждена на большой выборке из близкородственных и сопутствующих организмов. Образцы получены из российских и международных коллекций микроорганизмов и вирусов, видовая принадлежность которых подтверждена секвенированием по Сенгеру

Сравнение с международными стандартами

При разработке наборов реагентов ПЦР-РВ для выявления фитопатогенов проводится сравнение с рекомендованными EPPO и ВНИИКР праймерами

Черным цветом выделена смесь «Ph.solani-ВПК» (ООО «Синтол»); красным и оранжевым системы праймеров и зондов рекомендуемые EPPO для диагностики Candidatus Phytoplasma solani, BNrt* и mapBN** соответственно.

* Angelini E., Luca Bianchi G. Filippin L., Morassutti C., Borgo M. A new TaqMan method for the identification of phytoplasmas associated with grapevine yellows by real-time PCR assay. Journal of Microbiological methods, 2007 Jan., 68(3): 613-622 (doi:10.1016/j.mimet.2006.11.015)

** Pelletier C., Salar P., Gillet J., Cloquemin G., Very P., Foissac X., Malembic-Maher S. Triplex real-time PCR assay for sensitive and simultaneous detection of grapevine phytoplasmas of the 16SrV and 16SrXII-A groups with an endogenous analytical control. Vitis, 2009, 48(2): 87–95.

Третий этап: Анализ результатов

Результаты анализов обрабатываются автоматически на приборах для ПЦР в реальном времени, таких как АНК 32/48 (разработан ИАП РАН, Россия). Программное обеспечение формирует протоколы исследований с интерпретацией полученных данных.

Для удобства работы с прибором «QuantStudio5» (Applied Biosystems™, США) предусмотрены таблицы формата .xls для ввода и вывода данных по образцам. Эти функции поддерживаются программами QuantStudio™ Design & Analysis Software версий 1.5.1 и 1.5.2, а также программой запуска прибора.

Ввод образцов на планшет QS5
Шаблон для анализа QS5
Phyto Vir
Phyto DNA

Вы можете заказать у нас разработку наборов реагентов для выявления интересующих Вас фитопатогенов.

Компания «Синтол» проводит комплексное оснащение ПЦР-лабораторий для диагностики заболеваний растений. Обучение методу ПЦР в реальном времени и технологии «ФИТОСКРИН» проводится на базе Всероссийского научно-исследовательского института сельскохозяйственной биотехнологии.