Обнаружение РНК вируса хлоротической крапчатости кукурузы с помощью набора реагентов «Maize chlorotic mottle virus-РВ»

Набор реагентов «Maize chlorotic mottle virus-РВ»

Maize chlorotic mottle virus — единственный представитель рода Machlomovirus в семействе Tombusvirida, является одним из возбудителей летального некроза кукурузы (MLN кукурузы). Впервые патоген был описан в Перу (Castillo and Hebert, 1974) и с тех пор причинил колоссальный вред всему миру, включая страны Северной Америки, Южной Америки, Азии, Европы и Африки.

На начальных этапах поражения вирусом хлоротической крапчатости кукурузы на молодых листьях появляются хлорозные пятна, которые впоследствии сливаются и образуют широкие, хорошо заметные полосы вдоль жилок листа. По мере прогрессирования болезни такие листья засыхают. Поражённые вирусом растения формируют укороченные междоузлия, мужские соцветия с небольшим количеством шипов и/или укороченными, деформированными, частично заполненными початками. Maize chlorotic mottle virus распространяется через семена, почву и механическим путём, однако основным способом передачи являются насекомые-переносчики: кукурузная блошка Chaetocnema pulicaria, кукурузный трипс Frankliniella williamsi, луковый трипс Thrips tabaci и жуки рода Diabrotica. Вирус стал серьёзной угрозой для производства кукурузы в некоторых странах: он приводит к снижению урожая на 10–15%.

«Maize chlorotic mottle virus-РВ»

Набор реагентов для обнаружения РНК вируса хлоротической крапчатости кукурузы методом полимеразной цепной реакции в реальном времени, совмещённой с реакцией обратной транскрипции (ОТ-ПЦР-РВ).

Набор может быть использован в лабораторных центрах и институтах, проводящих контроль фитосанитарного состояния растений, в том числе посадочного материала, в целях обнаружения Maize chlorotic mottle virus. Набор позволяет качественно определить, содержится ли в образце РНК Maize chlorotic mottle virus.

Набор реагентов «Maize chlorotic mottle virus-РВ» позволяет одновременно выявлять в одной реакционной смеси специфичный для вируса хлоротической крапчатости кукурузы фрагмент гена — по каналу флуоресценции FAM/Green, а также внутренний положительный контроль (ВПК) — по каналу флуоресценции R6G/HEX/Yellow/VIC. Реакция ВПК необходима для исключения ложноотрицательных результатов.

• Чувствительность
  Чувствительность ПЦР при использовании набора реагентов «Maize chlorotic mottle virus-РВ» — не менее 1,0*10³ копий ДНК в миллилитре пробы.
• Специфичность
  Ложноотрицательные результаты при анализе образцов растений, содержащих РНК целевых вирусов, отсутствовали. Ложноположительные результаты при анализе образцов ДНК растений и РНК вирусов, не содержащих специфические фрагменты Maize chlorotic mottle virus, отсутствовали.

Набор реагентов апробирован на следующих приборах: «АНК-32 (32М, 48)» (ИАП РАН, г. Санкт-Петербург, Россия), «CFX96» («BioRad», США), «Rotor Gene» (Qiagen), «DT» («ДНК-технология», Россия), QuantStudio 5 (Thermo Fisher Scientific, США), Gentier 96Е (Tianlong, Китай).

Примеры анализа на выявление РНК возбудителя вируса хлоротической крапчатости кукурузы с использованием набора реагентов «Maize chlorotic mottle virus-РВ» на приборах для ПЦР в реальном времени: