Выявление ДНК Stenocarpella maydis с помощью набора реагентов «Stenocarpella maydis-РВ»

Набор реагентов «Stenocarpella maydis-РВ»

Stenocarpella maydis, (Berkeley) Sutton — фитопатогенный гриб, возбудитель диплодиоза кукурузы. Основным растением-хозяином патогена является кукуруза (Zea mays), кроме того, гриб способен поражать некоторые виды бамбука. Заражение кукурузы данным патогеном существенно влияет на её всхожесть и урожайность, что впоследствии приводит к серьёзным экономическим потерям. Stenocarpella maydisявляется повсеместно распространённым фитопатогеном, который можно обнаружить в странах Африки, Азии, Америки, Океании и Европы. В России данный патоген включён в первый список единого перечня карантинных объектов Евразийского экономического союза.

Stenocarpella maydisспособен зимовать на растительных остатках кукурузы в виде пикнид и мицелия. Кроме того, существуют данные о том, что патоген может сохраняться в почве. Основной способ распространения — инфицированные семена кукурузы, в том числе и предназначенные для корма скота. Естественное распространение патогена сильно ограничено, однако мицелий и пикниды гриба, содержавшиеся в растительных остатках, могут распространяться с сельскохозяйственной техникой и инфицировать другие субстраты.

Stenocarpella maydisсложно идентифицировать, полагаясь на внешнюю симптоматику, поскольку схожие симптомы характерны для близкородственного гриба — S. macrospora и некоторых других патогенов, инфицирующих кукурузу.

«Stenocarpella maydis-РВ»

Набор реагентов для выявления ДНК Stenocarpella maydis методом полимеразной цепной реакции в реальном времени

Набор может быть использован в лабораторных центрах и институтах, проводящих контроль фитосанитарного состояния растений, в том числе посадочного материала, в целях обнаружения Stenocarpella maydis. Набор позволяет качественно определить, содержится ли в образце ДНК Stenocarpella maydis.

Набор реагентов «Stenocarpella maydis-РВ» позволяет одновременно выявлять в одной реакционной смеси специфичный фрагмент ДНК Stenocarpella maydis — по каналу флуоресценции FAM/Green, а также внутренний положительный контроль (ВПК) — по каналу флуоресценции R6G/HEX/Yellow/VIC. Реакция ВПК необходима для исключения ложноотрицательных результатов.

• Чувствительность
  Для испытания аналитической чувствительности набора был произведён ряд из семи разведений полученной ДНК изолята средней заражённости (19,2 ct). Положительная реакция наблюдалась при разведении исходного инокулюма в 10⁵ раз. При разведении в 10⁶ реакция была нестабильной. При разведении в 10⁷ раз специфичной реакции не отмечено.
• Специфичность Ложноотрицательные результаты при анализе образцов, содержащих ДНК целевого объекта, отсутствовали, ложноположительные результаты при анализе образцов, не содержащих специфические фрагменты ДНК Stenocarpella maydis, отсутствовали.

Набор реагентов апробирован на следующих приборах: Gentier 96Е (Tianlong, Китай), QuantStudio 5 (Thermo Fisher Scientific, США), «CFX96» («BioRad», США), «DT» («ДНК-технология», Россия), «Rotor Gene» (Qiagen), «АНК-32 (32М, 48)» (ИАП РАН, г. Санкт-Петербург, Россия)