Выявление ДНК Burkholderia caryophylli с помощью набора реагентов «Burkholderia caryophylli-РВ»

Набор реагентов «Burkholderia caryophylli-РВ»

Burkholderia caryophylli (Burkholder) Yabuuchi et al – возбудитель бактериального вилта гвоздики. В настоящий момент считается редким патогеном в коммерческом производстве гвоздики. B. caryophylliвходит в список А2 перечня вредителей Европейской и Средиземноморской организации по карантину и защите растений. На территории РФ включена в первый список единого перечня карантинных объектов Евразийского экономического союза. (Bulletin OEPP/EPPO)

По данным ЕОКЗР патоген обнаружен в Аргентине, Бразилии, Уругвае США, Китае, Японии, Тайване, ограниченно распространен в Италии и Сербии. Основной путь распространения – зараженные посадочный материал (отбор инфицированных черенков).

Основным растением-хозяином является Dianthus caryophyllus, кроме того, бактерия поражает Eustoma russellianum, Limonium sinuatum, Gypsophila paniculata, в некоторых исследованиях упоминаются Dianthus allwoodii (гибриды) и Dianthus barbatus.

Внешние симптомы имеют ряд сходств с Dickeya dianthicola. На растениях инфицированных B. caryophylli надземные части приобретают серо-зеленый оттенок, который со временем сменяется желтым. Кроме того, бактерия способна вызывать растрескивание стеблей и корневые гнили. На срезе больных стеблей иногда можно наблюдать желто-коричневый бактериальный экссудат. Иногда внешние симптомы могут отсутствовать, как правило через 1-2 месяца растение погибает, чему зачастую способствует вторичная грибковая инвазия.

«Burkholderia caryophylli-РВ»

Набор реагентов для выявления ДНК Burkholderia caryophylli методом полимеразной цепной реакции в реальном времени

Набор может быть использован в лабораторных центрах и институтах, проводящих контроль фитосанитарного состояния растений, в том числе посадочного материала в целях обнаружения Burkholderia caryophylli. Набор позволяет качественно определить, содержится ли в образце ДНК Burkholderia caryophylli.

Набор реагентов «Burkholderia caryophylli-РВ» позволяет одновременно выявлять в одной реакционной смеси специфичный фрагмент ДНК Burkholderia caryophylli – по каналу флуоресценции FAM/Green, а также внутренний положительный контроль (ВПК) – по каналу флуоресценции R6G/HEX/Yellow/VIC. Реакция ВПК необходима для исключения ложноотрицательных результатов.

• Чувствительность
  Чувствительность ПЦР при использовании набора реагентов «Burkholderia caryophylli-РВ» — не менее 12*10³ копий ДНК в миллилитре пробы.
• Специфичность
  Специфичность — ложноотрицательные результаты при анализе образцов, содержащих ДНК целевого объекта, отсутствовали, ложноположительные результаты при анализе образцов ДНК, не содержащих вышеперечисленные специфические фрагменты, отсутствовали.

Набор реагентов апробирован на следующих приборах: Gentier 96Е (Tianlong, Китай), QuantStudio 5 (Thermo Fisher Scientific, США), «CFX96» («BioRad», США), «DT» («ДНК-технология», Россия), «Rotor Gene» (Qiagen), «АНК-32 (32М, 48)» (ИАП РАН, г. Санкт-Петербург, Россия)