Выявление ДНК возбудителя бактериального ожога гороха с помощью набора реагентов «Pseudomonas syringae pv. pisi-РВ»

Набор реагентов «Pseudomonas syringae pv. pisi-РВ»

Pseudomonas syringae pv. pisi (Sackett) Young, Dye & Wilkie (Ppi) — возбудитель бактериального ожога гороха (bacterial blight) впервые был обнаружен в 1915 году в США (Колорадо). В дальнейшем патоген был идентифицирован во всех в странах с развитым производством гороха.

Согласно литературным источникам, одним из лимитирующих факторов потерь урожая гороха являются поражения Ppi и другой близкородственной бактерией — Pseudomonas syringae pv. syringae (Psy). Идентификация этих двух патовариантов затруднена схожестью симптомов (при визуальном осмотре) и весьма похожими биохимическими профилями. Кроме того, оба патоварианта передаются с заражёнными семенами.

Высокая влажность и низкие температуры также способствуют распространению Ppi, поскольку бактерии легко проникают в растение-хозяин через внешние повреждения, вызванные неблагоприятными погодными условиями или механическими травмами. Симптомы чаще всего проявляются после заморозков. На надземной части растения появляются влажные участки поражения, цвет которых по мере прогрессирования бактериальной инфекции меняется с оливково-зеленого на тёмно-коричневый. Подобные поражения могут опоясывать стебель, поражать прилистники и листья, приводя к гибели растения.

«Pseudomonas syringae pv. pisi-РВ»

Набор реагентов для выявления ДНК возбудителя бактериального ожога гороха методом полимеразной цепной реакции в реальном времени.

Набор может быть использован в лабораторных центрах и институтах, проводящих контроль фитосанитарного состояния растений, в том числе посадочного материала, в целях обнаружения Pseudomonas syringae pv. pisi. Набор позволяет качественно определить, содержится ли в образце ДНК Pseudomonas syringae pv. pisi.

Набор реагентов «Pseudomonas syringae pv. pisi-РВ» позволяет одновременно выявлять в одной реакционной смеси специфичный фрагмент ДНК Pseudomonas syringae pv. pisi — по каналу флуоресценции FAM/Green, а также внутренний положительный контроль (ВПК) — по каналу флуоресценции R6G/HEX/Yellow/VIС. Реакция ВПК необходима для исключения ложноотрицательных результатов.

• Чувствительность
  Чувствительность ПЦР при использовании набора реагентов «Pseudomonas syringae pv. pisi-РВ» не менее 2,0*10³ копий ДНК в миллилитре пробы.
• Специфичность
  Ложноотрицательные результаты при анализе образцов, содержащих ДНК Pseudomonas syringae pv. pisi, отсутствовали. Ложноположительные результаты при анализе образцов ДНК, не содержащих специфические фрагменты ДНК Pseudomonas syringae pv. pisi, отсутствовали.

Набор реагентов апробирован на следующих приборах: «АНК-32 (32М, 48)» (ИАП РАН, г. Санкт-Петербург, Россия), «CFX96» («BioRad», США), «Rotor Gene» (Qiagen), «DT» («ДНК-технология», Россия), QuantStudio 5 (Thermo Fisher Scientific, США), Gentier 96Е (Tianlong, Китай).

Примеры анализа на выявление ДНК возбудителя бактериального ожога гороха с использованием набора реагентов «Pseudomonas syringae pv. pisi-РВ» на приборах для ПЦР в реальном времени: