Выявление ДНК возбудителя фомопсиса подсолнечника с помощью набора реагентов «Diaporthe helianthi-РВ»

Набор реагентов «Diaporthe helianthi-РВ»

Фомопсис подсолнечника — заболевание, широко распространённое во всех регионах возделывания этой культуры. Впервые это заболевание было обнаружено и описано в бывшей Югославии, где возбудитель был определен как Diaporthe helianthi Munt.-Cvetk., Mihaljc. & M. Petrov. Долгое время идентификацию этого вида проводили исключительно по симптомам и морфологическим признакам, однако было установлено, что одно и то же растение может быть поражено более чем одним видом рода Diaporthe. На сегодняшний день известно, что на подсолнечнике могут встречаться 13 видов рода Diaporthe.

В России Diaporthe helianthi впервые обнаружили в 1990 году в Ставропольском крае. Со временем он был зарегистрирован в других субъектах Российской Федерации. Данный патоген также был обнаружен в Болгарии, Германии, Венгрии, Франции, Хорватии, Чехии, Мексике, США, Аргентине, Марокко. В США и странах Европы потери урожая от заражения фомопсисом составили 30–40%.

Основные растения-хозяева — культурные и дикорастущие виды рода Helianthus, также патоген способен поражать такие растения, как дурнишник обыкновенный (Xanthium strumarium), лопух большой (Arctium lappa), амброзия многолетняя (Ambrosia psilostachya).

Возбудитель фомопсиса подсолнечника может поражать все надземные части растения. Ранние симптомы включают появление коричневых пятен неправильной формы на кончиках листьев, которые разрастаются между жилками, что приводит к некрозу и гибели листа. Возбудитель начинает распространяться вдоль главной жилки к черешку. Дальше инфекция распространяется от черешка к стеблю, опоясывая его. Ядра у поражённых растений имеют коричневый окрас и легко отделяются от плодовой оболочки.

Возбудитель может передаваться заражёнными семенами, а основным источником заражения являются растительные остатки, в которых патоген способен сохраняться до 5 лет.

На сегодняшний день Diaporthe helianthin включён во второй перечень карантинных вредных организмов, ограниченно распространённых на территории Евразийского экономического союза.

«Diaporthe helianthi-РВ»

Набор реагентов для выявления ДНК возбудителя фомопсиса подсолнечника методом полимеразной цепной реакции в реальном времени

Набор реагентов «Diaporthe helianthi-РВ» предназначен для обнаружения ДНК Diaporthe helianthi — возбудителя фомопсиса подсолнечника.

Набор может быть использован в лабораторных центрах и институтах, проводящих контроль карантинного фитосанитарного состояния растений, в том числе посадочного материала, в целях обнаружения ДНК Diaporthe helianthi. Набор позволяет качественно определить, содержится ли в образце ДНК Diaporthe helianthi.

Диагностика растений с помощью набора «Diaporthe helianthi-РВ» возможна на всех этапах его вегетационного развития методом полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ).

Набор реагентов «Diaporthe helianthi-РВ» позволяет одновременно выявлять в одной реакционной смеси специфичный фрагмент ДНК Diaporthe helianthi — по каналу флуоресценции FAM/Green, а также внутренний положительный контроль (ВПК) — по каналу флуоресценции R6G/HEX/Yellow/VIC). Реакция ВПК необходима для исключения ложноотрицательных результатов.

• Чувствительность
  Чувствительность ПЦР при использовании набора реагентов «Diaporthe helianthi-РВ» — не менее 1,0*10³ копий ДНК в миллилитре пробы.
• Специфичность
  Ложноотрицательные результаты при анализе образцов растений, содержащих ДНК Diaporthe helianthi, отсутствовали. Ложноположительные результаты при анализе образцов ДНК растений и ДНК бактерий, не содержащих Diaporthe helianthi, отсутствовали.

Набор реагентов апробирован на следующих приборах: «АНК-32 (32М, 48)» (ИАП РАН, г. Санкт-Петербург, Россия), «CFX-96» («BioRad», США), «Rotor Gene Q/6000» (Qiagen/Corbett, США/Австралия), «DT» («ДНК-технология», Россия), QuantStudio 5 (Thermo Fisher Scientific, США).

Примеры анализа на выявление ДНК возбудителя фомопсиса подсолнечника с использованием набора реагентов «Diaporthe helianthi-РВ» на приборах для ПЦР в реальном времени: