Выявление ДНК Xanthomonas phaseoli pv. phaseoli с помощью набора реагентов «Xanthomonas phaseoli pv. phaseoli-РВ»

Xanthomonas phaseoli pv. phaseoli – возбудитель бактериального ожога фасоли. Впервые данная бактерия была идентифицирована в 1897 году. Основным растением-хозяином является фасоль обыкновенная (Phaseolus vulgaris), кроме того естественному заражению подвержены и другие представители семейства Fabaceae. Европейской и Средиземноморской организацией по защите и карантину растений была отмечена возможность искусственной инокуляции патогеном некоторых представителей семейства злаковые (Opio et al. , 1996, EPPO).

Бактерия X. phaseoli pv. phaseoli включена в список A2 перечня вредных организмов, рекомендованных для регулирования. По данным ЕОКЗР на территории Российской Федерации данная бактерия присутствует в Центральной России и Дальнем Востоке, а также ограниченно распространена на юге страны (EPPO).

В тропических и субтропических районах бактерия способна расти и сохраняться на сорных растениях, а также на растительных остатках. Основным источником заражения являются семена или инфицированные растения. Распространение бактерий на дальние расстояния может происходить с помощью ветра, дождя, при помощи сельскохозяйственной техники и при контакте между растениями. В некоторых научных работах как потенциальный прособ распространения упоминаются насекомые-переносчики, однако их роль до конца не изучена (Kaiser & Vakili, 1978, EPPO).

Первичное заражение чаще всего происходит на поверхности растений, где популяции бактерий образовывают биопленки. Со временем они проникают в ткани растения-хозяина через механические повреждения, устьица или гидадоты. После попадания бактерий в проводящую систему они колонизируют сосудистые ткани и приводят к увяданию и гибели растения (Rudolph, 1993. Jacques et al., 2005, EPPO). X. phaseoli pv. phaseoli может локализовываться на обеих сторонах семенной кожуры, а также на поверхности зародыша, что обеспечивает высокую выживаемость фитопатогена (EPPO).

Набор реагентов для выявления ДНК Xanthomonas phaseoli pv. phaseoli методом полимеразной цепной реакции в реальном времени

Набор может быть использован в лабораторных центрах и институтах, проводящих контроль фитосанитарного состояния растений, в том числе посадочного материала в целях обнаружения Xanthomonas phaseoli pv. phaseoli. Набор позволяет качественно определить, содержится ли в образце ДНК Xanthomonas phaseoli pv. phaseoli.

Набор реагентов «Xanthomonas phaseoli pv. phaseoli-РВ» позволяет одновременно выявлять в одной реакционной смеси специфичный фрагмент ДНК Xanthomonas phaseoli pv. phaseoli – по каналу флуоресценции FAM/Green, а также внутренний положительный контроль (ВПК) – по каналу флуоресценции R6G/HEX/Yellow/VIC. Реакция ВПК необходима для исключения ложноотрицательных результатов.

• Чувствительность
  Чувствительность ПЦР при использовании набора реагентов «Xanthomonas phaseoli pv. phaseoli-РВ» — не менее 1,0*10³ копий ДНК в миллилитре пробы.
• Специфичность
  Специфичность – ложноотрицательные результаты при анализе образцов, содержащих ДНК целевого объекта, отсутствовали, ложноположительные результаты при анализе образцов ДНК, не содержащих вышеперечисленные специфические фрагменты, отсутствовали.

Набор реагентов апробирован на следующих приборах: Gentier 96Е (Tianlong, Китай), QuantStudio 5 (Thermo Fisher Scientific, США), «CFX96» («BioRad», США), «DT» («ДНК-технология», Россия), «Rotor Gene» (Qiagen), «АНК-32 (32М, 48)» (ИАП РАН, г. Санкт-Петербург, Россия)