Выявление ДНК Xanthomonas translucens pv. translucens методом полимеразной цепной реакции в реальном времени с помощью набора реагентов «Xanthomonas translucens pv. translucens-РВ»

Xanthomonas translucens pv. translucens – возбудитель черного бактериоза зерновых культур. Основными растениями-хозяевами являются Hordeum vulgare, Hordeum marinum, Triticum aestivum, Secale cereale, Avena sativa, а также некоторые сорные растения семейства Poaceae (PM 3/78 (2)).

Впервые бактерия была зарегистрирована в США в 1912 году. Далее отследить точное географическое распространение X. translucens pv. translucens не представляется возможным ввиду исторических различий в номенклатуре и ошибочной идентификации с близкородственным видом - Xanthomonas translucens pv. undulosa.

Бактерия X. translucens pv. translucens включена Европейско-Средиземноморской организацией по карантину и защите растений (ЕОКЗР) в список А2 (PM1 / 2 (33)) карантинных объектов. На территории Российской Федерации патоген распространен в Центральной части, на Юге, в Восточной и западной Сибири. (https://www.eppo.int)

Основной источник заражения – семена (зерно). Распространение патогена на короткие расстояния происходит при контакте между растениями, при помощи дождя и росы. Патоген способен выживать при длительных периодах засухи, способен сохраняться в растительных остатках и семенах. Наиболее благоприятными условиями для роста являются высокая влажность и диапазон температур от 15 до 22 °С (Kim, 1982).

Основным симптомом заражения являются водянистые полосы вдоль краев листьев. На поздних этапах полосы сливаются между собой и могут некротизироваться. X. translucens pv. translucens проникает в ткани растений через ранки и водяные устьица. Последние, имея связь с проводящей системой, распространяют бактерии по сосудам ксилемы. На поздних этапах инфекции бактерии оставляют ксилему и локализуются в тканях мезофилла, а на листьях проступает бактериальный экссудат.

Набор реагентов для выявления ДНК Xanthomonas translucens pv. translucens методом полимеразной цепной реакции в реальном времени.

Набор может быть использован в лабораторных центрах и институтах, проводящих контроль фитосанитарного состояния растений, в том числе посадочного материала в целях обнаружения Xanthomonas translucens pv. translucens. Набор позволяет качественно определить, содержится ли в образце ДНК Xanthomonas translucens pv. translucens.

Набор реагентов «Xanthomonas translucens pv. translucens - РВ» позволяет одновременно выявлять в одной реакционной смеси специфичный фрагмент ДНК Xanthomonas translucens pv. translucens – по каналу флуоресценции FAM/Green, а также внутренний положительный контроль (ВПК) – по каналу флуоресценции R6G/HEX/Yellow/VIC. Реакция ВПК необходима для исключения ложноотрицательных результатов.

• Чувствительность
  Чувствительность ПЦР при использовании набора реагентов «Xanthomonas translucens pv. translucens -РВ» — не менее 1,0*10³ копий ДНК в миллилитре пробы.
• Специфичность
  Ложноотрицательные результаты при анализе образцов, содержащих ДНК целевого объекта, отсутствовали, ложноположительные результаты при анализе образцов ДНК, не содержащих вышеперечисленные специфические фрагменты, отсутствовали.

Набор реагентов апробирован на следующих приборах: Gentier 96Е (Tianlong, Китай), QuantStudio 5 (Thermo Fisher Scientific, США), «CFX96» («BioRad», США), «DT» («ДНК-технология», Россия), «Rotor Gene» (Qiagen), «АНК-32 (32М, 48)» (ИАП РАН, г. Санкт-Петербург, Россия)