Выявление РНК вируса метельчатости верхушек картофеля с помощью набора реагентов «Potato mop-top virus-РВ»

Набор реагентов «Potato mop-top virus-РВ»

Вирус метельчатости верхушек картофеля (PMTV) — серьёзное заболевание, приводящее к значительному снижению урожайности и ухудшению качества продукции. Основным растением-хозяином для данного вируса является картофель, также хозяевами могут быть некоторые представители семейства Solanaceae, в том числе и сорные (Solanum nigrum и Datura stramonium).

Вирус способен сохраняться в покоящихся спорах возбудителя порошистой парши картофеля — Spongospora subterranea. При благоприятных условиях внешней среды споры прорастают и высвобождают несущие PMTV зооспоры. Инфицированные зооспоры поражают корни и клубни картофеля. При использовании инфицированного картофеля в качестве семенного материала вирус редко передается дочерним клубням (менее чем 50%), поэтому основным способом распространения является передача с мучнистой паршой.

PMTV вызывает широкий спектр симптомов, которые во многом зависят от восприимчивости сорта и условий окружающей среды. На листьях симптомы болезни проявляются в виде желтоватых пятен, иногда дуг на нижних листьях и хлоротичных пятен на верхних листьях. Наиболее характерным признаком инфицирования PMTVявляются укороченные междоузлия верхних листьев. На поверхности зараженных клубней картофеля можно заметить коричневые кольца, а внутри клубня поражения представлены в виде коричневых дугообразных некрозов. Течение инфекции может варьироваться от полного отсутствия симптомов до заметных внешних поражений листьев и клубней картофеля. Высокая влажность и прохладная температура являются оптимальными условиями для развития вируса.

«Potato mop-top virus-РВ»

Набор реагентов для выявления РНК вируса метельчатости верхушек картофеля методом полимеразной цепной реакции в реальном времени, совмещённой с реакцией обратной транскрипции (ОТ-ПЦР-РВ).

Диагностика растений на наличие вируса с помощью набора «Potato mop-top virus-РВ» возможна на всех этапах его вегетационного развития методом полимеразной цепной реакции в реальном времени с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР-РВ).

Набор может быть использован в лабораторных центрах и институтах, проводящих контроль карантинного фитосанитарного состояния растений, в том числе посадочного материала, в целях обнаружения РНК вируса метельчатости верхушек картофеля. Набор позволяет качественно определить, содержится ли в образце РНК Potato mop-top virus.

Проведение реакции обратной транскрипции и последующей мультиплексной ПЦР-РВ в наборе реагентов «Potato mop-top virus-РВ» осуществляется последовательно в одной пробирке в течение одного запуска амплификатора без каких-либо дополнительных манипуляций.

Набор реагентов «Potato mop-top virus-РВ» позволяет одновременно выявлять в одной реакционной смеси специфичный фрагмент Potato mop-top virus — по каналу флуоресценции ROX/Orange, а также внутренний положительный контроль (ВПК) — по каналу флуоресценции R6G/HEX/Yellow.

Первая реакция позволяет обнаружить последовательность специфического фрагмента РНК вируса метельчатости верхушек картофеля. Реакция ВПК необходима для исключения ложноотрицательных результатов.

• Чувствительность
  Чувствительность ПЦР при использовании набора реагентов «Potato mop-top virus-РВ» — не менее 1,0*10³ копий ДНК в миллилитре пробы.
• Специфичность
  Ложноотрицательные результаты при анализе образцов растений, содержащих РНК вирусов, отсутствовали. Ложноположительные результаты при анализе образцов ДНК растений и РНК вирусов, не содержащих специфические фрагменты РНК Potato mop-top virus, отсутствовали.

Набор реагентов апробирован на следующих приборах: «АНК-32 (32М, 48)» (ИАП РАН, г. Санкт-Петербург, Россия), «CFX-96» («BioRad», США), «Rotor Gene» (Qiagen), «DT» («ДНК-технология», Россия), Gentier 96Е (Tianlong, Китай).

Примеры анализа на выявление РНК вируса метельчатости верхушек картофеля с использованием набора реагентов «Potato mop-top virus-РВ» на приборах для ПЦР в реальном времени: